В соответствии со ст. 56 ТК РФ  трудовой договор - соглашение между работодателем и работником, в соответствии с которым работодатель обязуется предоставить работнику работу по обусловленной трудовой функции, обеспечить условия труда, своевременно и в полном размере выплачивать работнику заработную плату, а работник обязуется лично выполнять определенную этим соглашением трудовую функцию в интересах, под управлением и контролем работодателя, соблюдать правила внутреннего трудового распорядка.

При заключении гражданско-правового договора стороны не вступают в трудовые правоотношения. Так, например, по договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить по заданию другой стороны  (заказчика) определенную работу и сдать ее результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и оплатить его. 

При заключении трудового договора предусматривается личное выполнение работником трудовой деятельности по должности, профессии, специальности в соответствии со штатным расписанием, а также подчинение работника правилам внутреннего трудового распорядка. По гражданско-правовому договору  работник (исполнитель) может привлечь к исполнению своих обязательств других лиц, самостоятельно определяет способы и время выполнения работы, не подчиняется локальным нормативным актам заказчика. Казалось бы, это большой плюс. 

Однако работая по трудовому договору, работник имеет право на своевременную и в полном размере выплату справедливой заработной платы не ниже установленного МРОТ. При задержке или невыплате заработной платы, привлечение работодателя к административной, уголовной и материальной ответственности  возможно  только при наличии  оформленных  согласно законодательству  правоотношений по трудовому договору.

Также работник, оформленный по трудовому договору, в отличие от подрядчика (исполнителя) подлежит обязательному социальному страхованию, имеет право на все гарантии и компенсации (пенсии, пособия), установленные трудовым законодательством, на ограничение рабочего времени, предоставление ежедневного отдыха, выходных и нерабочих праздничных дней, оплачиваемого ежегодного отпуска. Работодатель ограничен в возможности прекращения с ним трудового договора.

По общему правилу при выплате доходов по трудовому или гражданско-правовому договору организация или индивидуальный предприниматель должны удержать НДФЛ и уплатить его в бюджет. Однако в некоторых случаях заказчик  по гражданско-правовому договору этого не делает, и гражданину потребуется самостоятельно подавать декларацию 3-НДФЛ и уплачивать налог.

Не стоит забывать, что при заключении трудового договора, вносится запись в трудовую книжку и исчисляется трудовой стаж. При заключении же гражданско-правового договора, данных действий не производится.